针对备受关注的转基因食品，二审稿明确其应当按规定标识。二审稿提出，我国《农业转基因生物安全管理条例》已经规定农业转基因生物标识制度，一些国家也在法律中规定转基因食品应当在标签上予以明示。为保障消费者的知情权，此次送审新增规定，“生产经营转基因食品应当按照规定进行标识”，同时增加相应的法律责任。

在罚则方面，二审稿规定，“转基因食品未按规定标识”有可能承担从没收违法所得、罚款到停产停业、吊销许可证等各个档次的处罚，但其中“标签存在瑕疵但不影响食品安全”的，由县级以上食药监部门责令改正即可，拒不改正的，处两千元以下罚款。